Génétique Holstein

Affiner les choix de reproduction grâce au microbiote

Directeur général du groupe Gènes Diffusion, Claude Grenier évoquait le 30 avril dernier avec beaucoup d’enthousiasme une «révolution dans le monde de la génétique bovine, et même dans la génétique animale pour les années à venir». Cette «révolution», de quoi s’agit-il ? D’une solution baptisée GHP, pour Génétique de haute performance, qui doit permettre aux éleveurs de vaches laitières de race holstein d’améliorer la rentabilité de leur élevage en affinant le choix de leur reproduction. Grâce à l’analyse du microbiote d’un élevage donné – le microbiote, c’est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, parasites, champignons non pathogènes) qui vivent dans un environnement spécifique, selon une définition de l’Inserm –, la technologie développée dans le programme GHP permet d’adapter les index standard de l’offre génétique de Gènes Diffusion à l’environnement de cet élevage, en utilisant l’intelligence artificielle. Grâce à un algorithme développé par Gènes Diffusion, il est désormais possible «d’enrichir et personnaliser les index de reproduction d’un animal et de les personnaliser en fonction de l’environnement de chaque élevage». Et ainsi améliorer ses performances. 

Microbiote et analyse des bouses

Après avoir conduit un programme de R&D de quatre ans, les chercheurs de Gènes Diffusion sont parvenus à établir que l’environnement de l’élevage peut avoir une influence sur la performance génétique. Autrement dit, fonction de l’environnement dans lequel on l’utilise, un animal reproducteur peut avoir des performances génétiques différentes, d’un élevage à l’autre, «avec des sur-performances et des sous-performances qui s’écartent de l’index standard», explique-t-on chez Gènes Diffusion. Et d’ajouter que c’est grâce à l’analyse des microbiotes d’un élevage que l’on peut assurer «qu’il y a un lien direct entre les variations de performances des reproducteurs et l’environnement des élevages». L’analyse du microbiote est réalisée sur un échantillon de dix vaches par troupeau, à partir de leurs... bouses ; lesquelles seront ensuite analysées en laboratoire pour obtenir un séquençage. Pour obtenir une «photographie» la plus complète du microbiote, les prélèvements se font sur des animaux de familles génétiques différentes. 

Génotypage et suivi repro obligatoires

Le prérequis technique est le contrôle des performances des animaux, ainsi que le génotypage de l’ensemble du cheptel. Un frein au démarrage du programme GHP ? Pas vraiment selon Claude Grenier : «Au sein des adhérents de Gènes Diffusion, il y a déjà pas mal à faire avec de nombreux élevages génotypés alors que nous n’avons pas encore beaucoup communiqué sur le sujet». 

Le coût par élevage est de 500 € par an pour l’adhésion au programme auquel s’ajoute 49 € par an et par femelle suivie à la reproduction. L’autre condition est d’avoir 100 % du troupeau génotypé ; un investissement auquel Gènes Diffusion promet de participer en octroyant une aide de 5 € pour le génotypage des génisses et 9 € pour le génotypage des vaches. Un partenariat avec le Crédit agricole permet également de solliciter une aide financière sous forme de soutien à la trésorerie pour réaliser le génotypage du troupeau. 

Pour l’éleveur, l’adhésion au programme GHP doit s’accompagner d’un retour sur investissement «au bout de trois ans», indique Claude Grenier. Le bénéfice net attendu est de 75 € par vache laitière et par an, «ce qui est gigantesque», poursuit le directeur général de Gènes Diffusion. La formule en vaut la peine, selon lui, «puisqu’on arrive à ce résultat sans jamais changer ses pratiques, mais simplement en changeant la manière de sélectionner ses reproducteurs». 

Enfin, si l’objectif de Gènes Diffusion est d’intéresser le plus grand nombre d’éleveurs à son programme, il n’est à ce jour pas obligatoire d’y adhérer : «Pour l’éleveur qui se sent bien dans son schéma de reproduction actuel, cela ne change rien. GHP est simplement un service en plus.» Quant à l’ouverture de cette technologie à d’autres races, Claude Grenier confie également «ne fermer aucune porte» : «On va se concentrer sur la race holstein, mais peut-être qu’un jour, on pourra étendre la solution sur la race charolaise, la race normande… La première étape, c’est de réussir le lancement et l’implantation de la technique dans la race holstein.»