Interview : Génétique : pour l'inra, les NBT sont incontournables dans la recherche

Pourquoi l’Inra précise-t-il maintenant sa stratégie en matière d’utilisation de l’édition du génome végétal ?
Philippe Mauguin : Il s’agit de répondre à la fois aux questions en interne et à celles de nos partenaires scientifiques, acteurs économiques, ONG et aux pouvoirs publics. Les NBT (nouvelles techniques d’amélioration variétale, ndlr) sont incontournables dans la recherche en biologie végétale. Elles sont indispensables pour comprendre le fonctionnement du vivant et, en particulier, la fonction des gènes. Elles s’insèrent dans une palette d’outils qui peuvent contribuer à répondre à un grand enjeu :
la transition écologique de l’agriculture avec le souci de la performance économique et de la préservation des ressources.

Vous dites que l’édition du génome est incontournable pour la recherche. L’est-elle également pour l’agriculture ?
Philippe Mauguin : Ces techniques sont largement utilisées dans tous les labos en Europe, publics ou privés. Dire que l’édition du génome est incontournable pour l’agriculture européenne risque de crisper le débat. Essayons de dédramatiser. Oui, elles peuvent être utiles dans certaines circonstances, mais ce n’est pas le seul levier à mobiliser. Le biocontrôle, l’agronomie, le numérique sont des domaines majeurs de recherche. Il faut donc être au top dans l’exploration de ces différentes approches, et dans la combinaison des leviers si l’on veut réussir la transformation de l’agriculture européenne.

Quels sont les travaux de l’Inra en la matière ?
Carole Caranta : Tous nos travaux mobilisant l’édition du génome répondent à deux objectifs : l’acquisition de connaissances et la preuve de concept, en amont des programmes d’innovation variétale, pour montrer la plus-value de ces techniques pour certaines espèces et certains caractères d’intérêt agronomique. Cela concerne notamment la résistance aux maladies pour réduire les pesticides et l’adaptation des plantes à leur environnement. Nous conduisons, par exemple, un programme d’amélioration de la résistance aux virus, pour lesquels il n’existe aucun moyen de lutte chimique, alors que nous voyons une recrudescence de ces maladies liée à la prolifération des insectes vecteurs suite au changement climatique. Des chercheurs de l’Inra ont découvert, il y a une quinzaine d’années, des mutations ponctuelles dans un gène chez le piment qui confèrent une résistance à des virus. Ces mutations existent chez d’autres espèces comme le pois, mais sont absentes chez d’autres. Nos équipes ont réussi à reproduire ces mutations chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana et à la rendre résistante aux virus. L’édition des génomes nous permettrait, par exemple, de rendre des arbres fruitiers résistants à certains virus, comme la sharka, sous réserve d’en maîtriser la technique. Le gain de temps serait considérable : il faudrait une centaine de milliers de générations pour retrouver une ou deux mutations naturelles.
Autre exemple concernant le mildiou, une maladie qui nécessite quinze à vingt traitements par an sur la vigne. Des travaux sur Arabidopsis thaliana montrent que l’inactivation d’un gène permet d’obtenir une résistance à différents agents pathogènes dont le mildiou. Ce gène est conservé au sein du règne végétal. Sur la base de ces résultats, nous avons initié des travaux mobilisant l’édition des génomes pour inactiver ce gène chez la pomme de terre et la vigne, et déterminer si une résistance au mildiou pouvait être obtenue.

Une expérimentation au champ est-elle nécessaire ?
Carole Caranta : Dans la plupart des programmes, l’évaluation des plantes éditée est réalisée en chambre climatisée ou serre confinée. Il y a un besoin évident de réaliser des évaluations en conditions réelles de culture, en particulier pour tester la réponse des plantes aux fluctuations de l’environnement, difficile, voire impossible à reproduire en conditions contrôlées.

Y a-t-il un retard de la recherche en France sur ces techniques ?
Carole Caranta : En termes de production scientifique, la France est au niveau des autres pays européens, mais l’Europe est loin derrière les USA et la Chine.