Flashdiag®ALT : un outil de diagnostic de l’alternariose de la pomme de terre

«Même le meilleur technicien de France n’est pas capable d’assurer, à l’œil nu, qu’une pomme de terre est atteinte d’alternariose ou d’autre chose.» Cyril Hannon, ingénieur régional en culture de pomme de terre chez Arvalis - Institut du végétal, est formel. Impossible de poser un diagnostic fiable de l’alternariose sans passer par une expertise laboratoire longue de trois ou quatre jours. C’est pourquoi, depuis septembre 2016, des contributeurs(1) travaillent à la mise au point de l’outil Flashdiag®ALT, initié par la société Anova-Plus. Il permet d’être fixé en trente petites minutes, directement depuis le champ concerné.
L’alternariose est, après le mildiou, la deuxième maladie fongique la plus importante. Elle peut provoquer des pertes de rendement de 20 % en moyenne, notamment lorsque la maladie se manifeste de façon précoce. Au moins deux espèces du genre alternaria peuvent affecter la pomme de terre en France : alternaria solani (virulente, pathogène) et alternaria alternata (moins virulente, saprophyte).
La maladie s’attaque, en général, au feuillage de la pomme de terre après la floraison en commençant par les étages foliaires inférieurs. Elle peut provoquer une sénescence précoce des plantes. Elle se manifeste sur les feuilles par des taches nécrotiques brunes de taille variable, avec des anneaux concentriques sur les taches importantes. «Mais ces symptômes peuvent facilement être confondus avec des carences, des stress ou des dégâts d’ozone, par exemple, assure Cyril Hannon. On pense que dans 50 % des cas, les agriculteurs ont recours à des traitements contre la maladie qui ne servent à rien, puisque la cause est autre.»

58 % des traitements sont préventifs
La Chambre d’agriculture du Nord-Pas-de-Calais a réalisé une enquête auprès de deux cents producteurs de pommes de terre en Hauts-de-France. Il en ressort que 84 % des producteurs qui connaissent l’alternariose appliquent des traitements, à raison de 1,8 traitement par an, dont 58 % en préventif. La fréquence des attaques est pourtant estimée entre un et cinq ans et 98 % des attaques sont supposées (seulement 2 % analysées en laboratoire). Les producteurs évoquent trois intérêts à un outil d’analyse rapide : mieux positionner les traitements, réduire le nombre d’interventions et annuler une décision d’intervention si le résultat est nul.
Les impacts d’un tel outil sont doubles. Sur le plan environnemental, tout d’abord, il permet une meilleure gestion des fongicides et une réduction du phénomène de résistance. Sur le plan économique, ensuite, il permet une diminution des pertes de rendement et une diminution des coûts liés à l’utilisation de fongicides.
Flashdiag®ALT repose sur un test ADN, simple et rapide (trente minutes du prélèvement au résultat), a effectuer directement sur le terrain. Il se déroule en trois phases. L’extraction ADN, tout d’abord, prend cinq minutes : prélever le symptôme sur la feuille, le placer dans un sachet d’extraction, puis le broyer et le filtrer dans un oese (petit récipient). L’amplification ADN, ensuite, dure vingt minutes : transférer le contenu de l’oese dans un tube d’amplification, incuber à 39 °C pendant vingt minutes à l’aide d’un bloc chauffant, alimenté par une pile ou sur l’allume-cigare. La révélation, enfin, prend cinq minutes : une cassette accolée à l’enceinte du tube donne le résultat. Une barre en C signifie une plante saine, deux barres en C et T1 annoncent la présence d’alternaria solani, deux barres en C et T2 sont synonymes d’alternaria alternata, et trois barres veulent dire que la plante est atteinte des deux espèces.

En vente cet été
Sur trois cents échantillons testés en laboratoire et avec Flashdiag®ALT, 98,21 % étaient en corrélation. Ce qui signifie que le test est très fiable. La fin de la validation du test sur les échantillons de terrain est prévue en décembre 2017. La commercialisation du kit, elle, est prévue pour l’été 2018.

(1) Comité technique de la pomme de terre du Nord-Pas-de-Calais, Chambre d’agriculture du Nord - Pas-de-Calais, Arvalis - Institut du végétal, McCain, Pamuni, Etablissements Coudeville-Marcant, FranceAgriMer, Investissements d’avenir et Génopole.